Sau khi Chiến đội 5 bị giải thể, Shōkaku và Zuikaku tiếp tục chiến đấu đến những năm cuối cuộc chiến nhưng cả hai đều không sống sót sau chiến tranh. Shōkaku bị tàu ngầm Mỹ USS Cavalla (SS-244) đánh chìm trong Trận chiến biển Philippines. Vụ nổ do nhiên liệu máy bay(avgas) đã đẩy nhanh quá trình chìm, và nó đã dìm theo hơn 1.000 thủy thủ xuống cùng. Zuikaku tiếp tục tham gia Trận chiến vịnh Leyte với vai trò là kỳ hạm của Hải quân Đế quốc Nhật Bản với Đô đốc Jisaburo Ozawa trên tàu. Nó bị máy bay tàu sân bay Mỹ tấn công và đánh chìm, mang theo 800 người cùng với tàu sân bay hạng nhẹ Zuihō. Ozawa sống sót và chuyển vị trí chỉ huy sang tàu tuần dương hạng nhẹ Oyodo. Đến giai đoạn đó của cuộc chiến, giới hạn về xăng và phi công buộc Hải quân Nhật phải sử dụng các tàu sân bay còn lại của làm mồi nhử.